Харківський національний економічний університет знаходиться при джерелах становлення спеціальної економічної освіти в Україні. В 1893 році він був заснований з ініціативи Харківського купецького товариства як Харківське комерційне училище Імператора Олександра ІІІ для фахової підготовки персоналу торгівельних і промислових підприємств вищої та середньої ланок
В 1912 році при ХКУ були відкриті вечірні Вищи комерційні курси Харківського купецького товариства. З ініціативою створення курсів виступив професор М.І.Палієнко. Курси мали один факультет – економічний, де підготовка студентів здійснювалася за чотирма циклами (відділеннями): економіко-комерційному, банківсько-страховому, місцевого господарства, промисловому з групами гірничої та гірничозаводської промисловості. Діяли групи для підготовки викладачів середніх освітніх закладів комерційного профілю. При курсах було створено науково-дослідну установу – Кабінет економічного вивчення Росії. В інституті викладали відомі науковці-економісти: О.М.Анциферов, М.М.Соболєв, П.І.Фомін, В.Ф.Левитський та ін. В 1916 р. тут навчалися 1226 студентів та 186 вільних слухачів обох статей.
29 березня 1916 р. за поданням міністра торгівлі і промисловості кн. В.М.Шаховського Державною Думою було схвалено закон про надання ХВКК статусу Харківського Комерційного інституту.
кінці 1980-х – на початку 90-х рр. інститут швидко здійснює перебудову навчального процесу, розширюючи напрямки фахової підготовки студентів.
Вперше в Україні на створеній при інституті Вищій школі міжнародного бізнесу було розпочато підготовку спеціалістів з зовнішньоекономічної діяльності. В 1996 р. на 8 факультетах інституту навчання провадилося вже за 15 економічними спеціальностями в напрямках: економіка та підприємництво, менеджмент, комп’ютерні науки.
У 1994 році, ХІЕІ було перетворено на Харківський державний економічний університет, вищого, IV рівня акредитації.
Указом Президента України від 21 серпня 2004 р. університету було надано статус Національного.
18 вересня 2004 року, ХНЕУ приєднався до Magna Charta Universitatum.
14 грудня 2005 року Університет нагороджено Почесною грамотою Кабінету Міністрів України.