На першому етапі існування Представництва МЗС України в Одесі провідним напрямом його роботи була консульська робота: легалізація документів, оформлення закордонних паспортів, оформлення віз іноземцям безпосередньо на кордоні, оформлення іноземних віз українським громадянам, надання консультацій представникам організацій, фірм, іноземним і українським громадянам з консульсько-правових питань
З 1997 р. починається обмеження консульських функцій Представництва: з нього знялись обов’язки по оформленню закордонних паспортів українського зразку. У цьому ж році стало неможливим виконання посередницької діяльності по оформленню іноземних віз українським громадянам. Візова робота Представництва була зведена до оформлення транзитних віз для громадян “благополучних країн” і в’їзних після отримання дозволу КУ МЗС України. З червня 1999 р. Представництво повністю припинило оформлення віз іноземцям на кордоні (в аеропорту і морському порту).
Введення наказом Міністра закордонних справ від 12.06.99 нового Положення про представництва МЗС України на території України з п.3.1, у якому йдеться про необхідність затвердження заявок вузів з профільним міністерством, зробило проблематичним легалізацію Представництвом дипломів іноземних громадян, внаслідок чого кількість легалізованих дипломів у 2001 році різко знизилась у порівнянні з попередніми роками.
У 1999 р. питання роботи з генеральними консульствами, моніторінгу політичної ситуації у регіоні, координації зовнішньополітичної діяльності, забезпечення захисту державних інтересів у регіоні, тобто політична робота, стають на передній план, у першу чергу завдяки обєктивним процесам, що відбуваються у цьому районі та навколо нього.